reaxys の反応マッピングでひと手間減らす方法

今回は reaxys の反応マッピングでひと手間減らす方法を紹介したいと思います (描画ソフトは標準の MarvinSketch)。反応マッピングとは反応検索で反応前後の原子の対応付けを行う操作のことです。つまり 「基質のこの原子が生成物のこの原子だよ」 というのを指定してやるわけです。これをしないと結果にノイズが多くなってしまいます。

通常の反応マッピング方法は Elsevier の サポートページ の 検索で有用なテクニック集 (MarvinSketch版) にも書かれていますが、下図のように reaction arrow ボタンで基質と生成物の間に矢印を書いて、その後 atom map ボタンから manual atom map を選択して基質の原子と生成物の原子をマウスドラッグで結ぶのが正攻法です。

しかし、実は reaction arrow ボタンを選択したまま atom map もできるのです。

reaction arrow ボタンのまま、基質の原子と生成物の原子をマウスドラッグで結ぶだけで下図のように atom map することができました。つまり、基質と生成物を reaction arrow でつないで、そのまま atom map すればいいのです。これによって 「atom map ボタンから manual atom map を選択する」 というひと手間を減らすことができます。普段よく反応検索する人にとっては、塵も積もれば山となる的に、結構な手間と時間の節約になるのではないでしょうか。

ちなみに、atom map ボタンから manual atom map を選択すると、下図のように reaction arrow と同じアイコンになりますので、実は本質的に同じなのではないかと個人的には思っています。

もし他に reaxys や SciFinder などでコツや小技などをご存知でしたら是非コメントください。

Comments

どうもはじめまして。楽しく記事を拝見してます。
私はreaxysのデフォルトのエディタは動作が重くて使いにくいので、設定で変更してISIS draw　で描画してます。格段に速いですよ。

Posted by arc at 2011年03月27日 14:47

＞ arc さん
コメントありがとうございます！
やはり ISIS に変更すると速くなるのですね。私はインストール権限の関係で今はデフォルトを使っていますが、どうにか ISIS にできないか交渉してみます。情報ありがとうございます！

Posted by 気ままに創薬化学 at 2011年03月29日 12:05